“口腔疾病研究与防治国家级重点实验室培育建设点”是目前省内首家规模较大、水平较高、开展项目较全的口腔医学研究基地。重点实验室前身为南京医科大学口腔医学院组织工程实验室，2004年更名为“南京医科大学口腔医学研究所”，2011年被列为“南京医科大学口腔疾病研究重点实验室”，2014年获批“江苏省口腔疾病研究重点实验室”，2020年在江苏省教育厅验收评估中获评优秀（101家实验室参与考核，其中15家被评为“优秀”等次实验室），2024年成功重组升级为“口腔疾病研究与防治国家级重点实验室培育建设点”， 是目前江苏省内唯一的国家级口腔医学研究重点实验室培育建设点。

历经近30年的建设与发展，建立了口腔分子流行病学、口腔微生物学、口腔分子生物学、口腔组织工程学、口腔材料学等多个科研主题实验专区，下设免疫与单细胞组学平台、组织病理学平台、微生物研究平台、光学影像平台等多个共享研究平台，并先后购进一批国内外先进的精密仪器设备，总值超过5000万元，可开展各类口腔医学研究项目。年均培养硕士100余人，博士20余人，是省内培养口腔医学类研究生人数最多、层次最全的口腔医学研究和教育基地。