南京医科大学口腔医学专业始建于1974年，创建之初即成立了口腔解剖实验室、口腔组织病理实验室、口腔内科实验室、口腔颌面外科实验室、口腔矫形实验室等教学实验室。

2000年我院将原有的10个口腔实验教学实验室整合，成立了南京医科大学口腔医学实验教学中心，着重从教育理念、管理体制、人才培养、经费投入、师资队伍、设备购置、用房划拨、特色创新等方面进行建设，实行人财物统一管理，资源共享。

2007年成为江苏省口腔医学基础实验教学示范中心，2009年通过验收。同年，成为中央地方共建实验室。

本实验中心构建“虚拟仿真-头模训练-临床实训”相结合的口腔医学虚拟仿真实践教学平台，将虚拟仿真贯穿教学全程。建立省内首个口腔医学虚拟仿真资源网络门户，联合24家国内口腔医学院校共享共建口腔医学云联盟。获国家级虚拟仿真实验教学项目一项，省级虚拟仿真实验教学项目两项。